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去中心化开源视频项目peertube部署 去中心化开源视频项目peertube部署 PeerTube是去中心化开源视频网站项目，可以自己部署，并和“联邦宇宙”建立联系； 采用docker-compose部署，内容如下version: '3' services: postgres: image: postgres:14-alpine container_name: postgres restart: always networks: - public-net ports: - "5432:5432" environment: POSTGRES_USER: root POSTGRES_PASSWORD: passwd POSTGRES_DB: peertube PGDATA: /var/lib/postgresql/data/pgdata volumes: - ./postgres/data:/var/lib/postgresql/data redis: image: redis:7-alpine container_name: redis restart: always networks: - public-net ports: - "6379:6379" volumes: - ./redis/data:/data peertube: image: peertube:production-buster container_name: peertube restart: always networks: - public-net ports: - "1935:1935" - "9500:9000" environment: PEERTUBE_DB_HOSTNAME: postgres PEERTUBE_DB_USERNAME: root PEERTUBE_DB_PASSWORD: passwd PEERTUBE_DB_NAME: peertube PEERTUBE_DB_SSL: "false" PEERTUBE_DB_PORT: 5432 PEERTUBE_REDIS_HOSTNAME: redis PEERTUBE_REDIS_PORT: 6379 PEERTUBE_WEBSERVER_HOSTNAME: example.ex.com #访问域名,不需要https PEERTUBE_WEBSERVER_PORT: 443 #访问端口号， PEERTUBE_WEBSERVER_HTTPS: "false" #是否https PEERTUBE_SECRET: ac74705834083f543cb5cd66d6e00cc8c104088 PEERTUBE_SMTP_USERNAME: #邮件用户名 PEERTUBE_SMTP_PASSWORD: #邮件密钥 PEERTUBE_SMTP_HOSTNAME: #邮件服务器，按需填写 PEERTUBE_SMTP_PORT: #邮件服务器端口 PEERTUBE_SMTP_FROM: #邮件用户名 PEERTUBE_SMTP_TLS: "true"#是否启用ssl，true表示使用 PEERTUBE_SMTP_DISABLE_STARTTLS: "false" PEERTUBE_ADMIN_EMAIL: #管理员邮箱 PEERTUBE_SIGNUP_ENABLED: "false"#是否启用注册，false不允许注册 volumes: - ./peertube/data:/data - ./peertube/config:/config - assets:/app/client/dist networks: public-net: driver: bridge volumes: assets:一开始部署时总是连不上数据库，后来先单独启动数据库，并初始化，然后再链接就好了 数据库初始化思路，开启临时的容器，进行初始化 docker run --name peertube_database_temp \ -e POSTGRES_USER=root \ -e POSTGRES_PASSWORD=passwd \ -e POSTGRES_DB=peertube \ -p 5432:5432 \ -d postgres:14-alpine在数据库初始化完成后，停止并删除临时容器 docker stop peertube_database_temp docker rm peertube_database_temp 再启动docker-compose up -d 然后访问对应端口即可，密码需要查看启动记录docker logs peertube 找到用户名和密码，用户名为root，密码是随机的字串，登陆后再修改即可 1735009599174.webp图片 目前通过nginx代理，可以https访问，正常上传和播放视频；nginx代理使用https时docker-compose中的PEERTUBE_WEBSERVER_HTTPS: "false" #是否https要改为true才行，否则视频无法播放 参考nginx配置 server { listen 443 ssl; server_name 改为你的域名; ssl_certificate 证书路径; ssl_certificate_key 证书密钥路径; ssl_protocols TLSv1.2 TLSv1.3; ssl_prefer_server_ciphers on; location / { proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for; proxy_set_header Host $host:443; proxy_pass http://127.0.0.1:你的peertube端口见docker-compose文件; proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr; proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme; client_max_body_size 0; proxy_buffering off; proxy_cache off; } }
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Memos增加底部备案号和超链接 Memos增加备案号和超链接 使用js代码实现在Memos服务中增加备案号直接在管理员账号中加入js代码，保存后刷新 图中自定义脚本位置 1734747482600.webp图片 参考代码 // 创建包含两个<a>标签的父容器div var containerDiv = document.createElement('div'); containerDiv.className = 'footer-links'; // 创建第一个<a>标签 var link1 = document.createElement('a'); link1.id = 'footer-icp'; link1.className = 'py-2 rounded-2xl border flex justify-center flex-row items-center text-sm text-gray-800 dark:text-gray-400 w-full border-transparent'; link1.href = 'http://beian.miit.gov.cn/'; link1.target = '_blank'; // 创建span标签并添加文本 var span1 = document.createElement('span'); span1.className = 'truncate'; span1.textContent = '京ICP备XXX号-XX'; // 将span标签添加到第一个<a>标签中 link1.appendChild(span1); // 创建第二个<a>标签 var link2 = document.createElement('a'); link2.className = 'py-2 rounded-2xl border flex justify-center flex-row items-center text-sm text-gray-800 dark:text-gray-400 w-full border-transparent'; link2.href = 'https://www.biohao.cn/'; link2.target = '_blank'; // 创建span标签并添加文本 var span2 = document.createElement('span'); span2.className = 'truncate'; span2.textContent = '晓暮部落格'; // 将span标签添加到第二个<a>标签中 link2.appendChild(span2); // 将两个<a>标签添加到div容器中 containerDiv.appendChild(link1); containerDiv.appendChild(link2); // 将父容器div添加到<body>标签的末尾 document.body.appendChild(containerDiv); 最终效果如下图1735003594165.webp图片 更多Memos使用技巧和美化请参考Memos分类文章；或者在下方留言 上面是chat-GPT生成的 后来发现了更加简洁的js代码，参考浪子 const icp="萌ICP备5201314号-99"; const newElement=`<a id="footer-icp" class="py-2 rounded-2xl border flex justify-center flex-row items-center text-sm text-gray-800 dark:text-gray-400 w-full border-transparent" href="http://beian.miit.gov.cn/" target="_blank"> <span class="truncate">${icp}</span></a><a id="footer-powered" class="py-2 rounded-2xl border flex justify-center flex-row items-center text-sm text-gray-800 dark:text-gray-400 w-full border-transparent" href="https://www.biohao.cn/" target="_blank"> <span class="truncate">晓暮部落格</span></a>`; document.body.insertAdjacentHTML("beforeend",newElement);
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Memos更新0.23.0 最近Memos更新到0.23.0了，主要更新如下 1、增加了自定义表情 2、支持添加位置信息 3、长文折叠更舒服 4、支持管理员设置更多的信息：开启或关闭注册，开启或关闭评论；设置全局默认公开或私人等 更多细节见github升级 1734662855491.webp图片 我遇到的问题 我换了新的0.23.0的docker镜像，直接启动会报错，无法直接使用mysql数据；但是新建容器使用mysql启动是正常的，也就是原来的mysql数据不兼容新的镜像了；目前我不会直接将旧的mysql数据导入新的容器中的mysql，可能是什么数据字符类型啥的要修改。 由于我的数据不多，我一条条memo手动复制了一下，算是艰难的升级到v0.23了，以后数据多了，还是不轻易升级了，除非数据兼容直接升级。 相关问题见github问题有能力的可以按照提示进行数据迁移或修改mysql数据使其可以正常驱动v0.23.0 memos-demo
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Global profiling of arginine dimethylation in regulating protein phase separation by a steric effect–based chemical-enrichment method 2022-global-profiling-of-arginine-dimethylation-in-regulating-protein-phase-separation-by-a-steric-effect.pdf AI总结 文章总结： 研究背景： 蛋白质精氨酸甲基化在调节不同细胞过程中蛋白质的结构构象和生理功能方面起着重要作用，其失调可能导致多种人类疾病。最近发现精氨酸甲基化参与调节蛋白质液 - 液相分离（LLPS），驱动不同无膜细胞器（MLOs）的形成，但在蛋白质组水平上对精氨酸甲基化进行全局鉴定和表征以调节蛋白质LLPS和MLO动态组装的研究仍缺乏。 研究方法与内容： 设计SECEM： 开发了一种基于空间位阻效应的化学富集方法（SECEM），用于从复杂肽混合物中富集精氨酸二甲基化肽。该方法利用硼酸盐亲和层析基于硼酸盐与顺式二醇之间的可逆共价相互作用，通过使未甲基化或单甲基化的精氨酸残基与1,2 - 环己二酮反应形成螺环结构，而二甲基化精氨酸残基与丙酮酸醛反应形成顺式二醇，从而实现硼酸盐亲和富集。 评估SECEM的富集性能，通过将携带aDMA或sDMA的合成胰蛋白酶肽与牛血清白蛋白（BSA）的胰蛋白酶消化物混合并进行SECEM富集，结果表明SECEM能够很好地富集aDMA和sDMA形式的精氨酸二甲基化肽。 通过SECEM进行哺乳动物细胞中精氨酸二甲基化的蛋白质组学分析： 应用SECEM从哺乳动物Jurkat T细胞的全蛋白胰蛋白酶消化物中富集精氨酸二甲基化肽，通过耦合“重”甲硫氨酸的代谢标记和IonPEP算法来控制DMA鉴定的置信度，与直接分析全蛋白消化物相比，鉴定到的精氨酸二甲基化肽和DMA位点的数量显著增加。 改进样品制备方案以减少含精氨酸肽的比例，从而识别更多的DMA位点，结果表明SECEM比免疫亲和富集方法具有更高的富集二甲基化肽的效率，且在识别RG/RGG基序内的DMA位点方面表现更优。 对SECEM鉴定的RG/RGG基序内DMA位点进行生物信息学分析，表明这些位点与参与不同MLOs的蛋白质LLPS密切相关。 研究精氨酸甲基化对SG形成和拆卸的影响： 通过用I型PRMT抑制剂和PRMT5抑制剂处理HeLa细胞，实现蛋白质精氨酸甲基化水平的全局下调，观察到SG的平均数量和每个细胞的平均面积显著增加，且SG的动态拆卸受到严重损害，表明抑制全局蛋白质精氨酸甲基化显著促进SG的形成并减少SG的解离。 分析SG形成过程中精氨酸二甲基化的动态变化： 使用SECEM分析SG形成过程中蛋白质组水平上精氨酸二甲基化（DMA）的变化，特别是RG/RGG基序内的DMA，鉴定到一些关键SG包含蛋白（如G3BP1、FUS和hnRNPA1）的DMA水平发生显著变化，且这些甲基化肽都位于RG/RGG富集区域，该区域是对介导蛋白质LLPS至关重要的内在无序区域（IDRs）。 研究RG/RGG富集区域的精氨酸甲基化对蛋白质LLPS的影响： 过表达并纯化了4个不同的RG/RGG富集区域，通过体外精氨酸甲基化实验和LC - MS/MS鉴定，证实这些区域被甲基化，且精氨酸甲基化显著损害了所有4个RG/RGG富集区域的LLPS能力，将11个精氨酸残基突变为丙氨酸后，4个突变体的LLPS能力均严重受损，验证了这些精氨酸残基在介导RG/RGG富集区域LLPS中的重要作用。 讨论： SECEM作为一种化学方法，受甲基化位点附近残基类型的影响较小，能够识别几乎所有天然氨基酸残基旁边和不同基序内的DMA，而免疫亲和方法由于甘氨酸残基对富集的贡献有限，在富集RG/RGG基序内的DMA方面能力较弱。 SECEM数据集优先富集了MLOs，特别是SG中蛋白质的RG/RGG基序内的DMA位点，且精氨酸甲基化对SG包含蛋白（如G3BP1、FUS、hnRNPA1和KHDRBS1）的DMA动态调节对调节SG组装和解组装至关重要，未来可进一步探索精氨酸甲基化是否对其他MLOs中的蛋白质进行动态调节。 材料与方法： 富集合成精氨酸二甲基化肽：制备4种不同精氨酸甲基化形式（未甲基化、MMA、aDMA和sDMA）的肽，并进行相关处理和分析。 细胞培养、小分子处理和SG形成：培养Jurkat T细胞和HeLa细胞，用小分子处理HeLa细胞以诱导SG组装和拆卸。 细胞裂解、蛋白质消化和肽标记：对细胞进行裂解、蛋白质消化和肽标记等处理。 从全蛋白消化物中富集精氨酸二甲基化肽：溶解脱盐后的肽，进行精氨酸二甲基化肽的富集和后续处理。 免疫亲和富集精氨酸二甲基化肽：参照之前描述的程序进行。 基本反相LC进行分级分离：对肽混合物进行分级分离。 MS分析：使用质谱仪分析肽混合物。 数据库搜索：使用MaxQuant软件进行数据库搜索。 IonPEP算法：用于控制精氨酸二甲基化肽鉴定的置信度。 生物信息学分析：使用相关数据库和软件进行分析。 甲基化蛋白质组分析在SG形成期间：提出了依赖于库的甲基化蛋白质组鉴定质量控制方法。 Western Blot分析：对处理后的HeLa细胞进行Western Blot分析。 免疫细胞化学和共聚焦成像：对细胞进行固定、透化、封闭等处理，然后进行成像。 质粒构建、蛋白质表达和纯化：构建相关质粒并在大肠杆菌中表达和纯化蛋白质。 体外精氨酸甲基化实验：进行体外精氨酸甲基化实验。 体外LLPS实验：确定突变位点和精氨酸甲基化对蛋白质LLPS的影响。 数据、材料和软件可用性：质谱数据可通过ProteomeXchange获取，其他数据包含在文章或补充材料中。 研究贡献： 开发了化学富集方法SECEM，用于在蛋白质组水平上分析精氨酸二甲基化（DMA），揭示了DMA在RG/RGG基序内对调节蛋白质LLPS和MLO动态组装的重要作用。 通过SECEM研究了SG形成过程中DMA的动态变化，发现了一些关键SG包含蛋白中DMA的显著变化，并验证了这些蛋白中精氨酸残基在介导LLPS中的重要作用。
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Discovery and Molecular Basis of a Diverse Set of Polycomb Repressive Complex 2 Inhibitors Recognition by EED Li 等 - 2017 - Discovery and Molecular Basis of a Diverse Set of Polycomb Repressive Complex 2 Inhibitors Recogniti.pdf LSH评论1: PRC2是一种抑制复合物，通过使H3K27发生修饰成为H3K27me3，进而染色质结构改变，从而抑制相关基因表达；然而同时H3K27me3激活PRC2活性，使其增强H3K27me3的修饰功能；这一点似乎矛盾，首先H3K27me3从哪里来，如果是组蛋白上的，那么他已经发生Kme3修饰了，激活的PRC2又去修饰谁呢？如果是游离的H3K27me3，那他是从哪里来的，是否存在呢？ LSH评论2：PRC2中EED亚基含有多个WD40结构域，WD40结构域能够结合H3K27me3，在形成PRC2活性催化复合结构[EED和SUZ12的C端+EZH2]起到关键作用；那么当H3K27me3被EED识别后，激活了PRC2，这个激活构想中催化位置在哪？和起到激活作用H3K27me3相对位置如何？ LSH评论3：本文中发现了几个新的抑制剂，能够竞争H3K27me3结合位点，使得PRC2活性催化复合结构[EED和SUZ12的C端+EZH2]改变，不能发挥催化活性，不发挥催化活性那么相关基因[H3K27me3时抑制的基因]就表达了？ AI总结: “Discovery and Molecular Basis of a Diverse Set of Polycomb Repressive Complex 2 Inhibitors Recognition by EED”由Li等人撰写，报道了通过EED识别的多种PRC2抑制剂的发现和分子基础，揭示了这些化合物的结合模式和作用机制，为开发新型PRC2抑制剂提供了结构基础。 研究背景 PRC2的结构和功能：PRC2是一种组蛋白H3赖氨酸27甲基转移酶，在基因调控中起关键作用，是癌症治疗的一个已知表观遗传学药物靶点。其核心复合物由EZH2、EED和SUZ12组成，EED是调节亚基，能结合H3K27me3并刺激PRC2活性。 PRC2抑制剂的研究现状：已有一些PRC2抑制剂被发现，但仍需要开发更有效的抑制剂。 实验方法 蛋白质表达和纯化：将EED克隆到pGEX - KG载体中，在大肠杆菌中表达，通过亲和层析、蛋白酶切割、镍柱和凝胶过滤柱纯化。 高通量筛选和命中筛选：开发了EZH2 HTS生化测定法，筛选了约140万个化合物，通过化学信息学筛选、确认和反筛选，选择了1,967个化合物进行剂量反应滴定，并在多种正交测定中进行验证。 IC50测定：采用基于LC - MS的PRC2生化测定法和EED - H3K27me3 AlphaScreen竞争结合测定法测定化合物的IC50值。 结合分析：通过ITC和SPR实验分析化合物与PRC2的结合常数和结合焓。 结晶和数据收集：采用坐滴气相扩散法结晶EED - 化合物复合物，在上海同步辐射装置收集衍射数据。 结构测定和优化：用分子置换法确定蛋白质结构，手动构建化合物结构，并用REFMAC5和BUSTER进行优化。 实验结果 PRC2酶活性测定及抑制剂筛选 建立了以H3（21 - 44）肽或重组单核小体核心颗粒（NCP）为底物的PRC2酶活性测定方法，研究了PRC2的基础活性和H3K27me3肽的刺激作用。 通过高通量筛选和验证，鉴定出多种H3K27me3竞争性抑制剂，其中5种化合物被选为代表进行进一步研究。 H3K27me3竞争性抑制剂的特性 这些化合物对PRC2具有高度选择性，不抑制其他组蛋白甲基转移酶。 通过ITC和SPR实验验证了这些化合物与EED的直接结合。 EEDi与EED相互作用的分子基础 确定了EED与5种化合物复合物的晶体结构，这些化合物诱导EED的芳香笼残基发生显著的构象变化，形成一个更深的口袋。 所有化合物都与口袋底部的Arg367相互作用，同时每个化合物在与EED的相互作用中也显示出独特的特征。 研究结论 发现了一类新的PRC2变构抑制剂，它们通过与EED结合抑制PRC2的基础活性，并与H3K27me3竞争结合EED。 晶体结构揭示了这些化合物诱导EED的芳香笼残基发生构象变化，形成一个更易成药的口袋。 这些结果为开发针对PRC2的治疗药物提供了新的化学起点。
