- LSH评论1: PRC2是一种抑制复合物，通过使H3K27发生修饰成为H3K27me3，进而染色质结构改变，从而抑制相关基因表达；然而同时H3K27me3激活PRC2活性，使其增强H3K27me3的修饰功能；这一点似乎矛盾，首先H3K27me3从哪里来，如果是组蛋白上的，那么他已经发生Kme3修饰了，激活的PRC2又去修饰谁呢？如果是游离的H3K27me3，那他是从哪里来的，是否存在呢？
- LSH评论2：PRC2中EED亚基含有多个WD40结构域，WD40结构域能够结合H3K27me3，在形成PRC2活性催化复合结构[EED和SUZ12的C端+EZH2]起到关键作用；那么当H3K27me3被EED识别后，激活了PRC2，这个激活构想中催化位置在哪？和起到激活作用H3K27me3相对位置如何？
- LSH评论3：本文中发现了几个新的抑制剂，能够竞争H3K27me3结合位点，使得PRC2活性催化复合结构[EED和SUZ12的C端+EZH2]改变，不能发挥催化活性，不发挥催化活性那么相关基因[H3K27me3时抑制的基因]就表达了？
- AI总结:
“Discovery and Molecular Basis of a Diverse Set of Polycomb Repressive Complex 2 Inhibitors Recognition by EED”由Li等人撰写，报道了通过EED识别的多种PRC2抑制剂的发现和分子基础，揭示了这些化合物的结合模式和作用机制，为开发新型PRC2抑制剂提供了结构基础。 研究背景
- PRC2的结构和功能：PRC2是一种组蛋白H3赖氨酸27甲基转移酶，在基因调控中起关键作用，是癌症治疗的一个已知表观遗传学药物靶点。其核心复合物由EZH2、EED和SUZ12组成，EED是调节亚基，能结合H3K27me3并刺激PRC2活性。
- PRC2抑制剂的研究现状：已有一些PRC2抑制剂被发现，但仍需要开发更有效的抑制剂。
实验方法
- 蛋白质表达和纯化：将EED克隆到pGEX - KG载体中，在大肠杆菌中表达，通过亲和层析、蛋白酶切割、镍柱和凝胶过滤柱纯化。
- 高通量筛选和命中筛选：开发了EZH2 HTS生化测定法，筛选了约140万个化合物，通过化学信息学筛选、确认和反筛选，选择了1,967个化合物进行剂量反应滴定，并在多种正交测定中进行验证。
- IC50测定：采用基于LC - MS的PRC2生化测定法和EED - H3K27me3 AlphaScreen竞争结合测定法测定化合物的IC50值。
- 结合分析：通过ITC和SPR实验分析化合物与PRC2的结合常数和结合焓。
- 结晶和数据收集：采用坐滴气相扩散法结晶EED - 化合物复合物，在上海同步辐射装置收集衍射数据。
- 结构测定和优化：用分子置换法确定蛋白质结构，手动构建化合物结构，并用REFMAC5和BUSTER进行优化。
实验结果
PRC2酶活性测定及抑制剂筛选
- 建立了以H3（21 - 44）肽或重组单核小体核心颗粒（NCP）为底物的PRC2酶活性测定方法，研究了PRC2的基础活性和H3K27me3肽的刺激作用。
- 通过高通量筛选和验证，鉴定出多种H3K27me3竞争性抑制剂，其中5种化合物被选为代表进行进一步研究。
H3K27me3竞争性抑制剂的特性
- 这些化合物对PRC2具有高度选择性，不抑制其他组蛋白甲基转移酶。
- 通过ITC和SPR实验验证了这些化合物与EED的直接结合。
EEDi与EED相互作用的分子基础
- 确定了EED与5种化合物复合物的晶体结构，这些化合物诱导EED的芳香笼残基发生显著的构象变化，形成一个更深的口袋。
- 所有化合物都与口袋底部的Arg367相互作用，同时每个化合物在与EED的相互作用中也显示出独特的特征。
研究结论
- 发现了一类新的PRC2变构抑制剂，它们通过与EED结合抑制PRC2的基础活性，并与H3K27me3竞争结合EED。
- 晶体结构揭示了这些化合物诱导EED的芳香笼残基发生构象变化，形成一个更易成药的口袋。
- 这些结果为开发针对PRC2的治疗药物提供了新的化学起点。
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